[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي مقالات آماده انتشار آخرين شماره تمام شماره‌ها جستجو ثبت نام ::
بخش‌های اصلی
صفحه اصلی::
اطلاعات مجله::
هیات تحریریه::
آرشیو مجله و مقالات::
برای نویسندگان::
برای داوران::
خط مشی دبیری::
ثبت نام و اشتراک::
تماس با ما::
::
شاپا
شاپاچاپی  
2228-7280
شاپا الکترونیکی
2228-7299
..
بانک ها و نمایه ها

 

 

 

 

 

 
..
جستجو در پایگاه

جستجوی پیشرفته
..
دریافت اطلاعات پایگاه
نشانی پست الکترونیک خود را برای دریافت اطلاعات و اخبار پایگاه، در کادر زیر وارد کنید.
..
لینک مفید بر ای داوران

سرقت ادبی وعلمی فارسی

سرقت ادبی وعلمی لاتین

..
دسترسی آزاد
مقالات این مجله با دسترسی آزاد توسط دانشگاه علوم پزشکی اردبیل تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
 
..
:: دوره 22، شماره 1 - ( بهار 1401 ) ::
جلد 22 شماره 1 صفحات 49-39 برگشت به فهرست نسخه ها
ارزیابی اثرات داکینگ و دینامیکی مولکولی ترکیبات Abemaciclib،Hymenialdisine و Indirubinبر CDK-2 با مطالعه شبیه‌سازی
مجید اسدی سامانی ، نوید جمالی ، جواد صفاری چالشتری* ، کوروش اشرفی دهکردی
مرکز تحقیقات بیوشیمی بالینی، پژوهشکده علوم پایه سلامت، دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد، شهرکرد، ایران ، j_saffari@gmail.com
چکیده:   (610 مشاهده)
زمینه و هدف: کیناز وابسته به سیکلین‌2‌‌‌ (CDK-2) یک سرین/ترئونین پروتئین­ کیناز با فعالیت تنظیمی در چرخه سلولی است. مهارکننده‌های این پروتئین­ با توقف چرخه سلولی راهکارهای انتخابی برای درمان انواع سرطان­ها هستند. در این مطالعه شبیه­ سازی شده، اثرات داکینگ ودینامیک ­مولکولی Abemaciclib،Hymenialdisine  وIndirubin  بر CDK-2 به عنوان یکی از مهمترین فاکتورهای موثر در چرخه سلولی مورد بررسی قرار گرفته است.
روش‌کار: فایل  PDB  پروتئین  CDK-2و ساختار سه بعدیAbemaciclib ،Hymenialdisine  و Indirubin به ترتیب از بانک اطلاعات پروتئین (http://www.rcsb.org) و سرور pubchem به دست آمدند. پس از شبیه­سازی CDK-2 در نرم‌افزار Gromacs، داکینگ مولکولی ترکیبات بر روی CDK-2 توسط نرم­افزار AutoDock 4.2 انجام شد. در نهایت مهمترین فاکتورهای دینامیک مولکولی مانند RMSD، شعاع چرخشی و انرژی کل در حالت قبل از داکینگ در مقایسه با این فاکتورها در مرحله بعد از داکینگ مورد آنالیز قرار گرفتند.
یافته­ ها: Abemaciclib با آزادسازی انرژی اتصال معادل kcal/mol  8/23- بیشترین تمایل برای اتصال به اسیدهای آمینه موجود در جایگاه اتصال CDK-2 دارد. در عین حال اتصالAbemaciclib ،Hymenialdisine  وIndirubin  به CDK-2، منجر به کاهش معنادار در برخی فاکتورهای دینامیک ­مولکولی مانند میانگین انرژی کل، شعاع چرخشی، RMSD و همچنین ایجاد تغییر در ساختار ثانویه CDK-2 شدند.
نتیجه‌گیری:Abemaciclib ،Hymenialdisine  و Indirubin تمایل بالایی برای برهمکنش با CDK-2 دارند. بر اساس نتایج شبیه‌سازی‌ دینامیک مولکولی، ساختار ثانویه CDK-2 پس از اتصال هر لیگاند به آن تغییر می‌کند و مجموعه لیگاند و پروتئین را پایدارتر می‌کند.
شماره‌ی مقاله: 4
واژه‌های کلیدی: CDK-2، Abemaciclib، Hymenialdisine، Indirubin، شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
متن کامل [PDF 849 kb]   (478 دریافت)    
نوع مطالعه: مقاله اصیل | موضوع مقاله: بیوشیمی
دریافت: 1401/2/15 | پذیرش: 1401/6/14 | انتشار: 1401/7/10
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA

Ethics code: NA



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Asadi-Samani M, Jamali N, Saffari-Chaleshtori J, Ashrafi-Dehkordi K. Evaluating the Effects of Molecular Dynamic And Docking of Abemaciclib, Hymenialdisine, and Indirubin on CDK-2 Inhibition by Simulation Study. J Ardabil Univ Med Sci 2022; 22 (1) : 4
URL: http://jarums.arums.ac.ir/article-1-2113-fa.html

اسدی سامانی مجید، جمالی نوید، صفاری چالشتری جواد، اشرفی دهکردی کوروش. ارزیابی اثرات داکینگ و دینامیکی مولکولی ترکیبات Abemaciclib،Hymenialdisine و Indirubinبر CDK-2 با مطالعه شبیه‌سازی. مجله دانشگاه علوم پزشکی اردبیل. 1401; 22 (1) :39-49

URL: http://jarums.arums.ac.ir/article-1-2113-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 22، شماره 1 - ( بهار 1401 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله دانشگاه علوم پزشکی اردبیل Journal of Ardabil University of Medical Sciences
Persian site map - English site map - Created in 0.17 seconds with 43 queries by YEKTAWEB 4623