[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
:: دوره 22، شماره 1 - ( بهار 1401 ) ::
جلد 22 شماره 1 صفحات 49-39 برگشت به فهرست نسخه ها
ارزیابی اثرات داکینگ و دینامیکی مولکولی ترکیبات Abemaciclib،Hymenialdisine و Indirubinبر CDK-2 با مطالعه شبیه‌سازی
مجید اسدی سامانی ، نوید جمالی ، جواد صفاری چالشتری* ، کوروش اشرفی دهکردی
مرکز تحقیقات بیوشیمی بالینی، پژوهشکده علوم پایه سلامت، دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد، شهرکرد، ایران
چکیده:   (38 مشاهده)
زمینه و هدف: کیناز وابسته به سیکلین‌2‌‌‌ (CDK-2) یک سرین/ترئونین پروتئین­ کیناز با فعالیت تنظیمی در چرخه سلولی است. مهارکننده‌های این پروتئین­ با توقف چرخه سلولی راهکارهای انتخابی برای درمان انواع سرطان­ها هستند. در این مطالعه شبیه­ سازی شده، اثرات داکینگ ودینامیک ­مولکولی Abemaciclib،Hymenialdisine  وIndirubin  بر CDK-2 به عنوان یکی از مهمترین فاکتورهای موثر در چرخه سلولی مورد بررسی قرار گرفته است.
روش‌کار: فایل  PDB  پروتئین  CDK-2و ساختار سه بعدیAbemaciclib ،Hymenialdisine  و Indirubin به ترتیب از بانک اطلاعات پروتئین (http://www.rcsb.org) و سرور pubchem به دست آمدند. پس از شبیه­سازی CDK-2 در نرم‌افزار Gromacs، داکینگ مولکولی ترکیبات بر روی CDK-2 توسط نرم­افزار AutoDock 4.2 انجام شد. در نهایت مهمترین فاکتورهای دینامیک مولکولی مانند RMSD، شعاع چرخشی و انرژی کل در حالت قبل از داکینگ در مقایسه با این فاکتورها در مرحله بعد از داکینگ مورد آنالیز قرار گرفتند.
یافته­ ها: Abemaciclib با آزادسازی انرژی اتصال معادل kcal/mol  8/23- بیشترین تمایل برای اتصال به اسیدهای آمینه موجود در جایگاه اتصال CDK-2 دارد. در عین حال اتصالAbemaciclib ،Hymenialdisine  وIndirubin  به CDK-2، منجر به کاهش معنادار در برخی فاکتورهای دینامیک ­مولکولی مانند میانگین انرژی کل، شعاع چرخشی، RMSD و همچنین ایجاد تغییر در ساختار ثانویه CDK-2 شدند.
نتیجه‌گیری:Abemaciclib ،Hymenialdisine  و Indirubin تمایل بالایی برای برهمکنش با CDK-2 دارند. بر اساس نتایج شبیه‌سازی‌ دینامیک مولکولی، ساختار ثانویه CDK-2 پس از اتصال هر لیگاند به آن تغییر می‌کند و مجموعه لیگاند و پروتئین را پایدارتر می‌کند.
شماره‌ی مقاله: 4
واژه‌های کلیدی: CDK-2، Abemaciclib، Hymenialdisine، Indirubin، شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
متن کامل [PDF 849 kb]   (24 دریافت)    
نوع مطالعه: مقاله اصیل | موضوع مقاله: بیوشیمی
دریافت: 1401/2/15 | پذیرش: 1401/6/14 | انتشار: 1401/1/10
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA

Ethics code: NA



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Asadi-Samani M, Jamali N, Saffari-Chaleshtori J, Ashrafi-Dehkordi K. Evaluating the Effects of Molecular Dynamic And Docking of Abemaciclib, Hymenialdisine, and Indirubin on CDK-2 Inhibition by Simulation Study. J Ardabil Univ Med Sci 2022; 22 (1) :39-49
URL: http://jarums.arums.ac.ir/article-1-2113-fa.html

اسدی سامانی مجید، جمالی نوید، صفاری چالشتری جواد، اشرفی دهکردی کوروش. ارزیابی اثرات داکینگ و دینامیکی مولکولی ترکیبات Abemaciclib،Hymenialdisine و Indirubinبر CDK-2 با مطالعه شبیه‌سازی. مجله دانشگاه علوم پزشکی اردبیل 1401; 22 (1) :49-39

URL: http://jarums.arums.ac.ir/article-1-2113-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 22، شماره 1 - ( بهار 1401 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله دانشگاه علوم پزشکی اردبیل Journal of Ardabil University of Medical Sciences
Persian site map - English site map - Created in 0.08 seconds with 30 queries by YEKTAWEB 4502