مرکز تحقیقات بیوشیمی بالینی، پژوهشکده علوم پایه سلامت، دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد، شهرکرد، ایران
چکیده: (145 مشاهده)
زمینه و هدف: کیناز وابسته به سیکلین2 (CDK-2) یک سرین/ترئونین پروتئین کیناز با فعالیت تنظیمی در چرخه سلولی است. مهارکننده‌های این پروتئین با توقف چرخه سلولی راهکارهای انتخابی برای درمان انواع سرطانها هستند. در این مطالعه شبیه سازی شده، اثرات داکینگ ودینامیک مولکولی Abemaciclib،Hymenialdisine وIndirubin بر CDK-2 به عنوان یکی از مهمترین فاکتورهای موثر در چرخه سلولی مورد بررسی قرار گرفته است. روش‌کار: فایل PDB پروتئین CDK-2و ساختار سه بعدیAbemaciclib ،Hymenialdisine وIndirubinبه ترتیب از بانک اطلاعات پروتئین(http://www.rcsb.org)و سرورpubchemبه دست آمدند. پس از شبیهسازیCDK-2در نرمافزار Gromacs، داکینگ مولکولی ترکیبات بر رویCDK-2توسط نرمافزارAutoDock 4.2انجام شد. در نهایت مهمترین فاکتورهای دینامیک مولکولی مانند RMSD، شعاع چرخشی و انرژی کل در حالت قبل از داکینگ در مقایسه با این فاکتورها در مرحله بعد از داکینگ مورد آنالیز قرار گرفتند. یافته ها: Abemaciclibبا آزادسازی انرژی اتصال معادلkcal/mol 8/23- بیشترین تمایلبرای اتصال به اسیدهای آمینه موجود در جایگاه اتصال CDK-2 دارد. در عین حال اتصالAbemaciclib ،Hymenialdisine وIndirubin به CDK-2، منجر به کاهش معنادار در برخی فاکتورهای دینامیکمولکولی مانند میانگین انرژی کل،شعاع چرخشی، RMSD و همچنین ایجاد تغییر در ساختار ثانویهCDK-2شدند. نتیجه‌گیری:Abemaciclib ،Hymenialdisine وIndirubinتمایل بالایی برای برهمکنش باCDK-2دارند. بر اساس نتایج شبیهسازی دینامیک مولکولی، ساختار ثانویه CDK-2 پس از اتصال هر لیگاند به آن تغییر می‌کند و مجموعه لیگاند و پروتئین را پایدارتر می‌کند.
Asadi-Samani M, Jamali N, Saffari-Chaleshtori J, Ashrafi-Dehkordi K. Evaluating the Effects of Molecular Dynamic And Docking of Abemaciclib, Hymenialdisine, and Indirubin on CDK-2 Inhibition by Simulation Study. J Ardabil Univ Med Sci 2022; 22 (1) :39-49 URL: http://jarums.arums.ac.ir/article-1-2113-fa.html
اسدی سامانی مجید، جمالی نوید، صفاری چالشتری جواد، اشرفی دهکردی کوروش. ارزیابی اثرات داکینگ و دینامیکی مولکولی ترکیبات Abemaciclib،Hymenialdisine و Indirubinبر CDK-2 با مطالعه شبیهسازی. مجله دانشگاه علوم پزشکی اردبیل 1401; 22 (1) :49-39
