|
شناسایی بیوانفورماتیکی microRNA های با توان بیومارکری در سرطان روده بزرگ از روی داده‌های ریز آرایه
|
مهدی ولی زاده    ، اسماعیل بابائی* ، رسول شریفی ، عباس یزدان بد |
| گروه علوم جانوری، دانشکده علوم طبیعی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران ، babaei@tabrizu.ac.ir |
|
|
چکیده: (1853 مشاهده) |
زمینه و هدف: سرطان روده بزرگ یک بیماری شایع در جهان میباشد که باعث مرگ و میر بالایی در افراد مبتلا میشود. نبود مارکر مناسب تشخیصی و پیش آگهی باعث عدم شناسایی بدخیمیهای سرطان کولون در زمان مناسب شده است. ژنهای microRNA با کنترل بیان ژنهای هدف در بروز و پیشروی سرطان کولون نقش مهمی را ایفا میکنند. هدف از مطالعه حاضر، شناسایی بیوانفورماتیکی microRNA های احتمالی موثر با بیان متمایز در نمونه های سرطانی و غیرسرطانی کولون بود.
روش کار: این مطالعه از نوع تئوریکال بیوانفورماتیکی بوده و داده های ریزآرایه مربوط به 1513 نمونه سرطان روده با شماره دستیابی GSE115513 از سایت GEO انتخاب شد و با استفاده از برنامه R، ژنهای مارکر انتخاب گردید. ژنهای هدف microRNA های شناسائی شده با برنامه TARGETSCAN مشخص شدند و در نهایت، شبکه گرافیکی با برنامه Cytoscape رسم گردید.
یافته‌ها: آنالیز داده‌های ریزآرایه نشان داد که has- miR-663b، has-miR-650، has- miR-17-5p، has-miR-4539 و has-miR-501-3p دارای توان بیومارکری در نمونه های سرطانی میباشند. آنالیز آماری و بررسی ژنهای هدف این microRNA نشان داد که ژنهای has-miR-663b (p=0.001 و ROCAUC=0.8965) و has-miR-650 (p=0.001 و ROCAUC=0.9104) دارای بیان متمایز معنی دار بین نمونه های سرطانی و حاشیه غیرتوموری بوده و توان بیومارکری دارند.
نتیجه گیری: ژنهای has- miR-663b و has-miR-650 میتوانند به عنوان مارکر تشخیصی برای تفکیک نمونه های سرطانی روده بزرگ از نمونه های غیرسرطانی بکار گرفته شوند. |
|
| واژه‌های کلیدی: بیوانفورماتیک، microRNA، سرطان روده بزرگ، داده های میکرواری |
|
|
متن کامل [PDF 846 kb]
(1448 دریافت)
|
نوع مطالعه: مقاله اصیل |
موضوع مقاله:
ژنتیک و پزشکی مولکولی
دریافت: 1399/3/14 | پذیرش: 1399/11/10 | انتشار: 1399/11/10
|
|
|
|
|
|
|
| ارسال پیام به نویسنده مسئول |
|
|
|
| ارسال نظر درباره این مقاله |
|
|
|
.png)
.png){kind=small}
